- 1989-1990 : 32e de finale, éliminé par les Girondins de Bordeaux (8-0) au stade Venoix à Caen devant 10 000 spectateurs. Auparavant, Saint-Lô avait éliminé Niort qui évoluait en D2 aux tirs au but 11 à 10. Le dernier penalty est tiré par le plus jeune joueur sur la pelouse, Stéphane Martin, qui supprend les 2 500 supporters niortais.
- 1993-1994 : élimination en 32e de finale aux tirs au but par Mulhouse. Dernier tir au but arrêté par le gardien remplaçant (qui était un joueur de champ) sur une frappe d'Olivier Joba.
- 1995-1996 : les Saint-Lois ne chutent qu'en 32e de finale contre le SCO Angers (Division 2) sur le score de 3 buts à 1.
- 1996-1997 : cette saison constituera l'année d'un parcours épique avant une élimination en 32e de finale au stade Michel d'Ornano contre le SM Caen évoluant en Ligue 1 sur le score de 2-1 après prolongation. Auparavant, l'équipe avait écarté Cherbourg (National), Angers (National), et en 32e le leader de Ligue 2, Châteauroux, aux tirs au but.
- 1997-1998 : au 7e tour, le club s'envole vers la Guadeloupe pendant une semaine pour affronter le Phare de Petit-Canal. Victoire dans la douleur 3-1. Élimination en 32e de finale à Boulogne-sur-Mer 2-0. Ce match laissera énormément de regret à toute l'équipe car au tour suivant Boulogne affrontera l'Olympique de Marseille.
- 2001-2002 : élimination au 8e tour par Le Mans avec dans ses rangs un certain Didier Drogba.
- 2002-2003 : élimination au 8e tour par une nouvelle fois Le Mans en tête de Ligue 2 sur le score de 5-2.
- 2003-2004 : élimination au 8e tour sur le terrain de Brest (National), qui figurait en tête avec un certain Franck Ribery.
- 2005-2006 : 32e de finale : Ajaccio (Ligue 1) et son entraîneur Rolland Courbis viennent s'imposer au stade Louis-Villemer 2-0 devant plus de 5 000 spectateurs.
